앞에서 설명한 바와 같이 창업을 위한 기업의 형태는 크게 개인사업자와 법인사업자로 나눌 수 있다. 창업을 개시할 때 그 형태에 대해서 충분히 고민하지 않고 개인사업자를 선택한 경우는 물론 개인사업자와 법인사업자의 차이에 대해 충분히 고민하고 개인사업자로 창업하였다 하더라도 후에 법인사업자로 전환하는 개인사업자들이 많다.

개인사업자가 법인사업자로 전환을 하는 이유는 다양하나 몇 가지 중요한 예를 들면 다음과 같다.

➀ 가업승계를 위한 경우

➁ 거래 상대방이 일정 규모의 법인사업자를 요구한 경우

➂ 사업자의 은퇴를 대비하고자 하는 경우(퇴직금 등)

➃ 고율의 소득세가 부담스러울 경우

➄ 매출 증가로 성실신고확인제 대상자로 분류된 경우

➅ 사업 규모의 확대로 금융기관 등 외부의 자금조달(대출, 지분증권, 채무증권 발행)이 필요할 경우

연매출액 기준으로 일정액 이상의 수익이 있는 개인사업자가 종합소득세를 납부하기 전에 신고내용과 증빙서류 등을 의무적으로 세무대리인에게 검증받도록 한 제도개인사업자가 법인사업자로 전환하기로 결정하였을 때 첫 번째 검토하여야 사항은 법인사업자 전환 방식이다. 법인사업자 전환 방식은 크게 「상법」상 사업양수도 방식과 「조세특례제한법」상 현물출자방식과 포괄양수도 방식으로 구분할 수 있다.

「상법」상 사업양수도 방식은 ⅰ) 상법에 따른 법인 설립, ⅱ) 개인사업자와 법인 간의 영업양수도계약 체결, ⅲ) 법인 설립신고 및 사업자등록 신청, ⅳ) 개인사업자 폐업신고 및 재산 이전 순으로 이루어진다. 「상법」상 사업양수도 방식은 특별한 조세감면을 받지 못하기 때문에 「조세특례제한법」에서 정한 요건을 갖추지 못하였거나 조세감면 혜택이 필요 없는 부동산 비소유 개인사업자 등이 이용한다.

「조세특례제한법」상 현물출자방식과 포괄양수도 방식은 「조세특례제한법」에서 정하고 있는 요건을 갖추어 현물출자나 포괄양수도가 이루어지는 방식으로(「조세특례제한법」 제31조, 제32조) 법인으로 전환하는 개인사업자가 부동산을 소유하고 있는 경우에 법인에 이전되는 부동산의 양도차익에 부과되는 양도소득세가 이월되는 이월과세 등 조세감면혜택을 받을 수 있다.

「조세특례제한법」상 과세특례를 받기 위한 현물출자는 신설법인의 업종이 호텔업, 여관업(일부업종 제외), 주점업(일부 업종 제외) 등 소비성서비스업이 아니어야 하며, 소멸하는 개인사업장의 순자산가액 이상을 출자하여 법인을 설립하여야 한다. 「조세특례제한법」상 과세특례를 받기 위한 포괄양수도는 위와 같은 현물출자에 관한 두 가지 요건 외에 추가로 개인사업자가 신설법인에 발기인으로 참여하여 개인사업장의 순자산가액 이상을 출자할 것과 법인설립일부터 3개월 이내에 포괄적으로 양수도가 이루어질 것이라는 요건이 추가된다.

개인사업자의 법인사업자 전환에 따른 주요 세금문제는 다음과 같다.