기초선거 정당공천제 폐지 측은 다음과 같은 논거를 주장한다.

첫 번째, 공천과정에서 정치 부패현상이 발생한다는 것이다. 이는 제도 폐지 측의 가장 큰 논거이기도 하다. 지역구 국회의원, 지역위원장 등 몇몇 유력 인사가 공천 과정에서 막대한 영향력을 행사한다는 것은 이미 만연한 사실이다. 이로 인해 공천 희망자는 유력인사의 눈에 들기 위해 각종 부정을 저지르게 되며, 당선 이후 부정행위를 덮기 위해 지역구 일에 소홀하게 된다는 것이 제도 폐지 측의 핵심 주장이다. 그리고 유권자들은 이미 공천과정에서의 비리와 부정에 많은 실망을 한 바 있다.

두 번째, 지방정치가 중앙정치에 종속된다는 것이다. 지방자치는 자율성을 바탕으로 지역 문제에 자주권을 행사해야 한다. 그러나 정당공천제 아래에서는 정당이 지방선거에 개입함으로써 중앙-지방의 수직적 구조가 생성될 가능성이 높다. 따라서 단체장이 지역민보다 중앙당의 압력을 의식하거나 지역 민심보다 중앙당 의견에 따를 가능성이 존재한다. 다음 선거에서의 공천을 위해 중앙 유력인사의 압력을 거스르지 못하는 것도 이 경우에 해당한다.

세 번째, 인물이 아닌 당 중심 투표로 흐를 가능성이 높다는 것이다. 정당이 후보자를 추천하는 제도의 특성상, 유권자의 표심에 정당이 영향을 미치는 것은 당연하다. 그러나 제도 폐지 측은 그 영향의 정도가 과하다 주장한다. 실예로 유권자들은 '어느 지역은 특정 정당만 뽑는다'는 전제 아래 몇몇 지역의 당선자를 쉬이 예측할 수 있다. 일부 지역이라 하더라도, 정당이 후보자 보증 기능을 넘어 후보자들 간 능력 비교조차 마비시킨 것은 현행 제도의 문제점이라 할 수 있다.

네 번째, 지역 정치 신인이 배제된다는 점도 들고 있다. 공천 후보자의 당선은 정당의 세력 강화와 직결된다. 따라서 정당이 당선 가능성이 높은 후보자를 공천하는 것은 너무나 자명한 사실이다. 아울러 기성 정치인과 정치 신인 비교했을 때, 전자의 당선 가능성이 높은 경우가 대부분이다. 정당이 '집권당'이라는 목표를 추구하는 한, 현행 제도는 정치 신인에게 정치 진입장벽으로 기능할 확률이 높다.

다섯 번째, 공천 불복과정에서의 부작용을 지적한다. 현행 제도는 공천 가능성을 고려하거나 공천 결과에 불복해 당을 옮기는 정치인들을 수없이 양산해왔다. 그리고 유권자들은 이들을 '철새 정치인'이라 부르며 비판해왔다. 이러한 공천 불복에 따른 부작용은 정치권에 잡음과 혼란을 야기해 국가 운영을 방해했으며, 유권자들에게는 정치에 환멸을 느끼게 해 진정한 주민자치의 실현을 어렵게 만들었다.

이외에도 제도 폐지 측은 ▲ 지방자치의 비정치적 성격 ▲ 지역정치 다양성 실종 ▲ 중앙정치 중간평가로 변질된 기초선거 등을 논거로 기초선거에서의 정당공천제도를 부정하고 있다.